一、個人所得稅
（一）資本公積轉增注冊資本繳稅問題分析
根據《國家稅務總局關于股份制企業轉增股本和派發紅股征免個人所得稅的通知》（國稅發[1997]198號）的規定，股份制企業用資本公積金轉增股本不屬于股息、紅利性質的分配，對個人取得的轉增股本數額，不作為個人所得，不征收個人所得稅。但根據《國家稅務總局關于原城市信用社在轉制為城市合作銀行過程中個人股增值所得應納個人所得稅的批復》（國稅函發[1998]289號）規定，國稅發[1997]198號文中所表述的“資本公積金”是指股份制企業股票溢價發行收入所形成的資本公積金，將此轉增股本由個人取得的數額，不作為應稅所得征收個人所得稅，而與此不相符合的其他資本公積金分配個人所得部分，應當依法征收個人所得稅。此外，《國家稅務總局關于進一步加強高收入者個人所得稅征收管理的通知》（國稅發[2010]54號）中規定，加強企業轉增注冊資本和股本管理，對以未分配利潤、盈余公積和除股票溢價發行外的其他資本公積轉增注冊資本和股本的，要按照“利息、股息、紅利所得”項目，依據現行政策規定計征個人所得稅。
（二）盈余公積轉增注冊資本
股份制企業用盈余公積金派發紅股屬于股息、紅利性質的分配，對個人取得的紅股數額，應作為個人所得征稅（國稅發［1997］198號）。此外，《國家稅務總局關于進一步加強高收入者個人所得稅征收管理的通知》（國稅發[2010]54號）中規定，加強企業轉增注冊資本和股本管理，對以未分配利潤、盈余公積和除股票溢價發行外的其他資本公積轉增注冊資本和股本的，要按照“利息、股息、紅利所得”項目，依據現行政策規定計征個人所得稅。
公司將從稅后利潤中提取的法定公積金和任意公積金轉增注冊資本，實際上是該公司將盈余公積金向股東分配了股息、紅利，股東再以分得的股息、紅利增加注冊資本。因此，對屬于個人股東分得并再投入公司（轉增注冊資本）的部分應按照"利息、股息、紅利所得"項目征收個人所得稅。（國稅函［1998］333號）
集體所有制企業改制為股份制企業，將歷年積累的盈余公積金的一部分，以職工原始投入資金及投入時間按比例用股票形式分配給職工，增加職工個人股本，實際是企業以紅股的形式分配股息和紅利，不屬于國稅發[2000]60號文件規定的資產量化，不能暫緩征收個人所得稅。(國稅函[2000]539號)
（三）未分配利潤轉增注冊資本
根據《國家稅務總局關于進一步加強高收入者個人所得稅征收管理的通知》（國稅發[2010]54號）中規定，加強企業轉增注冊資本和股本管理，對以未分配利潤、盈余公積和除股票溢價發行外的其他資本公積轉增注冊資本和股本的，要按照“利息、股息、紅利所得”項目，依據現行政策規定計征個人所得稅。因此，未分配利潤轉增注冊資本自然人股東需要繳納個人所得稅。
總體來說，資本公積轉增部分不需要繳納個人所得稅，而未分配利潤和盈余公積轉增部分需要繳納個人所得稅。根據財稅(2015)41號文，從4月1日起，國家對個人轉讓非貨幣性資產的所得（包括股改）征收20%的個人所得稅。不過，納稅人一次性繳稅有困難的，可合理確定分期繳納計劃并報主管稅務機關備案后，在不超過5年內分期繳納個稅。
二、企業所得稅
我國現行的《中華人民共和國企業所得稅法》(2008年1月1日起實施)在第二十六條規定了企業的四項免稅收入，其中包括：(二)符合條件的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益;(三)在中國境內設立機構、場所的非居民企業從居民企業取得與該機構、場所有實際聯系的股息、紅利等權益性投資收益。
企業所得稅法實施條例第八十三條規定：企業所得稅法第二十六條第(二)項所稱符合條件的居民企業之間的股息、紅利等權益性投資收益，是指居民企業直接投資于其他居民企業取得的投資收益。企業所得稅法第二十六條第(二)項和第(三)項所稱股息、紅利等權益性投資收益，不包括連續持有居民企業公開發行并上市流通的股票不足12個月取得的投資收益。
對符合條件的居民企業之間的權益性投資收益以及在中國境內設立機構、場所的非居民企業從居民企業取得與該機構、場所有實際聯系的權益性投資所取得股息、紅利所得，一方面是作為企業所得稅的應稅收入，另一方面同時是作為企業所得稅的免稅收入，所以，法人股東在公司整體變更為股份有限公司時，就其獲得的股息性質的投資收益可不繳納企業所得稅。
《國家稅務總局關于貫徹落實企業所得稅法若干稅收問題的通知》(國稅函[2010]79號)亦明確規定，“被投資企業將股權(票)溢價所形成的資本公積轉為股本的，不作為投資方企業的股息、紅利收入，投資方企業也不得增加該項長期投資的計稅基礎”。
如公司存在外資法人股東，則應根據《財政部國家稅務總局關于企業所得稅若干優惠政策的通知》（財稅〔2008〕1號）第四條關于外國投資者從外商投資企業取得利潤的優惠政策的規定：2008年1月1日之前外商投資企業形成的累積未分配利潤，在2008年以后分配給外國投資者的，免征企業所得稅；2008年及以后年度外商投資企業新增利潤分配給外國投資者的，依法繳納10%的企業所得稅。
另外,國家稅務總局《關于企業所得稅若干問題的公告》(國家稅務總局公告2011年第34號)第五項投資企業撤回或減少投資的稅務處理投資企業從被投資企業撤回或減少投資，其取得的資產中，相當于初始出資的部分，應確認為投資收回；相當于被投資企業累計未分配利潤和累計盈余公積按減少實收資本比例計算的部分，應確認為股息所得；其余部分確認為投資資產轉讓所得。被投資企業發生的經營虧損，由被投資企業按規定結轉彌補；投資企業不得調整減低其投資成本，也不得將其確認為投資損失國家稅務總局《關于印發《新企業所得稅法精神宣傳提綱》的通知》（國稅函〔2008〕159號）第二十四項居民企業之間的股息紅利收入原稅法規定，內資企業之間的股息紅利收入，低稅率企業分配給高稅率企業要補稅率差。
三、增值稅、營業稅
有限公司整體變更為股份公司時非貨幣性資產出資行為會涉及到增值稅、營業稅、土地增值稅。企業主要資產形態可以分為有形動產、無形資產和不動產。其中：有形動產屬于增值稅的征收范圍，而無形資產和不動產屬于營業稅的征收范圍。
1.增值稅
當企業整體變更為股份有限公司時，屬于轉讓企業全部產權，即整體轉讓企業資產、債權、債務及勞動力的行為。
根據《國家稅務總局關于納稅人資產重組有關增值稅問題的公告》(國家稅務總局公告2011年第13號)規定：納稅人在資產重組過程中，通過合并、分立、出售、置換等方式，將全部或者部分實物資產以及與其相關聯的債權、負債和勞動力一并轉讓給其他單位和個人，不屬于增值稅的征稅范圍，其中涉及的貨物轉讓，不征收增值稅。
2.營業稅
以無形資產、不動產投資入股，參與接受投資方利潤分配，共同承擔投資風險的行為，根據《財政部、國家稅務總局關于股權轉讓有關營業稅問題的通知》（財稅[2002]191 號規定）規定不需要繳納營，對股權再轉讓也不征收營業稅。
四、契稅
企業整體變更過程中，涉及土地及地面建筑物的權屬轉移，包括出資方以土地及地面建筑物出資、公司設立時購買土地使用權及地面建筑等一系列行為。
根據財政部公布《財政部、國家稅務總局關于企業事業單位改制重組契稅政策的通知》財稅〔2012〕4號，自2012年1月1日至2014年12月31日，對于企業改制重組時所涉及的契稅可以享受以下優惠政策：
(1)非公司制企業，按照《中華人民共和國公司法》的規定，整體改建為有限責任公司（含國有獨資公司）或股份有限公司，有限責任公司整體改建為股份有限公司，股份有限公司整體改建為有限責任公司的，對改建后的公司承受原企業土地、房屋權屬，免征契稅。上述所稱整體改建是指不改變原企業的投資主體，并承繼原企業權利、義務的行為。
(2)非公司制國有獨資企業或國有獨資有限責任公司，以其部分資產與他人組建新公司，且該國有獨資企業（公司）在新設公司中所占股份超過50%的，對新設公司承受該國有獨資企業（公司）的土地、房屋權屬，免征契稅。
國有控股公司以部分資產投資組建新公司，且該國有控股公司占新公司股份超過85%的，對新公司承受該國有控股公司土地、房屋權屬，免征契稅。上述所稱國有控股公司，是指國家出資額占有限責任公司資本總額超過50%，或國有股份占股份有限公司股本總額超過50%的公司。
(3)在股權轉讓中，單位、個人承受企業股權，企業土地、房屋權屬不發生轉移，免征契稅。
五、印花稅
企業整體變更過程中，涉及重新登記資本賬簿、權利證照重新登記、原有合同變更等等一系列行為。根據財政部和國家稅務總局聯合公布的《關于企業改制過程中有關印花稅政策的通知》財稅〔2003〕183號，涉及的印花稅可以享受以下優惠政策：
(1)其新啟用的資金賬簿記載的資金（包括股本和資本公積）凡原已貼花的部分可不再貼花，盈余公積和未分配利潤折股和計入資本公積的部分需要貼花。
(2)產權轉移書據不需要貼花。
(3)原有的合同主體變更不需要貼花。
